开题报告内容:(包括拟研究或解决的问题、采用的研究手段及文献综述,不少于2000字)
拟研究及解决的科学问题
本课题旨在在细胞水平评估水飞蓟宾对NAFLD的治疗效果,同时运用非化学修饰的结合可变性蛋白组学方法(Binding induced accessibility Proteomics, BiAC)及基于亲和蛋白质组学方法(Affinity-Based Protein Profiling ,AfBPP)筛选并验证水飞蓟宾治疗NAFLD的靶标蛋白,寻找开发该疾病新的药物治疗方案。
- HepG2细胞上建立两种常用的高脂肪酸诱导脂质沉积和ActD/TNFalpha;诱导凋亡的非酒精性脂肪肝细胞模型,之后细胞给药考察评估水飞蓟宾在两种细胞模型上的药效。
- 设计并合成光亲和标记探针及炔基修饰的水飞蓟宾的光亲和及生物正交探针。
根据水飞蓟宾的结构特点设计以双吖丙啶为光亲和基团的光亲和标记探针,同时设计以罗丹明为荧光基团和以生物素为富集用基团的炔基修饰生物正交探针。
- 运用水飞蓟宾探针进行基于亲和蛋白质组学方法分析(AfBPP),对水飞蓟宾治疗NAFLD相关靶标蛋白进行筛选和鉴定。
用水飞蓟宾光亲和标记探针在UV条件下标记HepG2造模细胞后,在细胞裂解液水平借助点击化学反应(CuAAC)分别连上两种生物正交探针后通过SDS-PAGE和串联质量标记法(Tandem Mass Tag,TMT)辅助的生物质谱方法对标记蛋白进行分析。通过寻找模型组和对照组的差异蛋白来筛选水飞蓟宾治疗NAFLD的靶标蛋白。
- 运用非化学修饰的结合诱导可变性蛋白组学方法分析(BiAC),对水飞蓟宾治疗NAFLD相关靶标蛋白进行验证。
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- 综合上面两种方法得到的数据,最终确定水飞蓟宾治疗NAFLD的靶标蛋白。
文献综述
基于亲和蛋白质组分析在鉴定活性天然产物靶标蛋白中的应用
摘要:
天然产物是创新药物的重要来源,确定活性天然产物的靶标蛋白和药理机制是天然产物成药性结构优化和新药效机制发现的关键。但是由于其一般具有较为复杂的化学结构和生物学效用,传统的靶标鉴定方法因为自身固有的低通量、低泛用性、全局性不足等缺陷而无法满足实际需求。而近年来得到快速发展和应用的化学蛋白组学则提供了一个高效、整体、移植性高的活性天然产物靶标鉴别平台。因此本篇综述将以化学蛋白质组学为中心,在介绍其原理的基础上总结该技术在鉴定活性天然产物靶标蛋白工作中的优势与不足。
