细菌中药物靶点同源蛋白数据库的建立与相互作用分析文献综述

 2023-02-04 10:02

开题报告内容:(包括拟研究或解决的问题、采用的研究手段及文献综述,不少于2000字)研究背景人体肠道微生物组是一个庞大而复杂的微生物群落,基因总数是人类的100多倍[1],和人体健康状态息息相关。

研究表明,药物与肠道菌群的组成改变相关[2]。

目前关于靶向人体药物对于细菌影响的表型-原理方面的生物信息学分析还很少,建立细菌中药物靶点同源蛋白数据库与相互作用分析对于调整肠道菌群改善疾病具有重要的价值。

本课题旨在下载汇总药物靶点相关数据库和蛋白间相互作用数据,构建非抗生素药物靶点在肠道菌群特异性分布的数据库,利用生物信息学分析统计人体肠道中独特的具有药物靶点的菌属,实现特异性调节肠道菌群,为药物的使用和治疗疾病提供参考。

研究内容及研究方法研究内容:构建药物靶点同源蛋白数据库以及汇总蛋白间相互作用数据,将同源蛋白在菌群分布以图表等方式可视化展示。

研究方法:① 在ETCM网站下载并整理每种中药靶向的基因信息和每种中药的化学成分。

② 在UniProt网站上下载靶点数据与在蛋白间相互作用数据库中下载蛋白质相互作用数据。

③ 用blastp软件在HMP(人类微生物组计划)数据库中对药物靶点序列进行比对。

④ 对已对比的序列用编辑的perl脚本进行注释。

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