开题报告内容：（包括拟研究或解决的问题、采用的研究手段及文献综述，不少于2000字）
拟研究或解决的问题：
从基因序列和蛋白质序列二个层次去解码新型冠病毒基因变异的规律和特点。找到2019-nCoV病毒经常发生突变的基因位点，探寻基因突变对氨基酸序列的影响，以及对病毒结构功能、结合宿主受体亲和力的改变；期望明确其变异的规律、特征及其与流行时段、流行地域之间的关系，了解这些变异与其他冠状病毒（如，MERS-CoV和SARS-CoV等）之间的异同。
鉴于在人体存在10多种膜联蛋白，其生物学功能尚不清鉴于在人体存在10多种膜联蛋白，其生物学功能尚不清楚的现状，本课题深入研究膜联蛋白的蛋白质结构与其生物学功能之间的关系，通过蛋白质工程改造、筛选和研发创新生物药物。
研究方法：
本项目将完成2019-nCoV序列的完整基因组从GISAID（https://www.gisaid.org/）和GenBank的下载（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/）。利用MEGA-X构建系统发育进化树、在全基因组及功能基因组水平、及其编码的蛋白结构域水平，利用DNAMAN进行COVID-19不同亚型的进化分析和序列比对。
学习膜联蛋白A10的结构与功能相关理论知识，掌握实验技能，理解研究思路，获得一定实验结果。
文献综述：
新型冠状病毒基因变异的生物信息学研究
摘要：
2019年12月在中国武汉开始爆发的新型肺炎已造成全球多个国家/地区，引起该肺炎的病毒被世界卫生组织命名为2019新型冠状病毒（2019-nCoV）。该病毒与之前已经发现的六种人类冠状病毒基因上存在明显的区别，因此将其划分为一种新型冠状病毒。初步分析表明，2019-nCoV与SARS样蝙蝠冠状病毒（SARS-like bat CoVs）有密切的进化联系，亲缘关系最为紧密。在氨基酸序列结构上，2019-nCoV与SARS-CoV非常相似，但也一些显着差异，整个基因组主要是由编码16种非结构蛋白（nsps）的ORF1，和其余编码辅助蛋白和结构蛋白的ORF组成。四种主要结构蛋白是刺突表面糖蛋白（S），小包膜蛋白（E），基质蛋白（M）和核衣壳蛋白（N），其中刺突表面糖蛋白(S蛋白)在结合宿主细胞上的受体中起着至关重要的作用，并决定宿主的向性。在编码这些蛋白的病毒基因极易发生突变，S蛋白RBD的部分突变是为了加强与受体的亲和力，增强病毒的感染性。对103个SARS-CoV-2基因组进行的群体遗传分析表明，这些病毒演变成两种主要类型（称为L和S），不同类型的病毒在选择性压力和传播速度上也存在差异。研究人员分析了源自支气管肺泡灌洗液的RNA序列两名武汉患者，确定了可能是RNA编辑特征的核苷酸变化：从ADAR脱氨酶到腺苷到肌苷的变化，从到来的胞嘧啶到尿嘧啶的变化APOBEC的，结果表明，APOBEC和ADAR均与冠状病毒有关。基因组编辑，这个过程可能会影响病毒和患者的命运。
